Республика располагает значительным научным потенциалом, эффективность использования которого приобретает ключевое значение для обеспечения последующего экономического роста. Правительство Карелии активно взаимодействует с научными учреждениями при решении наиболее значимых для республики проблем социально-экономического развития, ведущие ученые являются внештатными советниками Главы Республики Карелия.
Межведомственным координационным Советом по науке и технике Республики Карелия, в состав которого входят представители научных и вузовских учреждений и органов исполнительной власти, осуществляется отбор наиболее актуальных исследовательских работ, определяются объемы их финансирования.

Республика Карелия является одним из крупных научных центров Российской Федерации и Северо-Западного федерального округа. Научные исследования и опытно-конструкторские разработки в республике проводятся на базе Карельского научного центра Российской Академии наук (КарНЦ РАН), Петрозаводского государственного университета (ПетрГУ), Карельского государственного педагогического университета (КГПУ), а также отраслевых научно-исследовательских институтов.

Крупнейшей научной организацией в республике является Карельский научный центр Российской Академии наук. Он включает 7 институтов: Институт биологии, Институт водных проблем Севера, Институт геологии, Институт леса, Институт прикладных математических исследований, Институт экономики, Институт языка, литературы и истории, а также ряд научно-вспомогательных, производственных и социально-бытовых подразделений, объединенных единым руководством (Президиумом КарНЦ) и образующих единую инфраструктуру.
В основном штате КарНЦ РАН работают немногим более 800 человек, примерно половину которых составляют научные сотрудники. Из них 14% - доктора наук и 54% - кандидаты наук. Возглавляет КарНЦ член-корреспондент РАН.

Мощный кадровый потенциал и серьезная материально-техническая база позволяют КарНЦ РАН проводить экспедиционные и лабораторные исследования по
многим важнейшим направлениям современной науки, устанавливать тесную связь между научными исследованиями и задачами развития региона.
Большое значение приобрели межинститутские (мультидисциплинарные) исследования, которые позволили определить основные направления природопользования в республике, оценить современную экологическую ситуацию в Карелии, установить районы с кризисной экологической обстановкой, предложить концепцию и схему формирования сети охраняемых природных территорий, составить экологическую и ресурсные карты республики, разработать концепцию социально-экономического развития Карелии, создать основы для возрождения языка (карельского, вепсского) и культуры коренных народов.

Сотрудники КарНЦ РАН проводят совместные работы с коллегами из многих стран мира (Австрии, Бельгии, Великобритании, Дании, Ирландии, Канады, Литвы, Норвегии, Польши, США, Франции, ФРГ, Швейцарии, Швеции, Эстонии, Японии и др.), но наиболее широкие и плодотворные связи установились с учеными Финляндии. При этом активно ведутся совместные работы в области экологии и охраны окружающей среды, геологии, истории и языкознания.
Крупнейшим вузом на Европейском Севере России является Петрозаводский государственный университет (ПетрГУ). Он включает в себя 15 факультетов и 79 кафедр. ПетрГУ является сейчас головной организацией в республике по выполнению важнейших научно-технических и образовательных программ, проведению экспертных и консультационных работ. Реализовано более 60 международных проектов в области образования, науки и культуры при поддержке международных финансовых организаций. На базе университета создан Региональный инновационный комплекс, являющийся инфраструктурной основой для формирования региональной инновационной системы Республики Карелия. Он объединяет 14 разноплановых научных центров.
Значительный вклад в карельскую науку вносит Карельский государственный педагогический университет (КГПУ). В его состав входят 15 факультетов, располагающих 120 специализированными лабораториями, выполняющими ежегодно до 100 научных тем. Ведутся совместные разработки с лабораториями КарНЦ РАН.

Семёнов Сергей Сергеевич депутат Государственной Думы